Browsing by Author "Dolinová, Iva"
Now showing 1 - 3 of 3
Results Per Page
Sort Options
- ItemMolecular biology tools for diagnostics of ongoing remediation(Technická Univerzita v Liberci, ) Dolinová, Iva; ; Ševců Alena, RNDr. Ph.D. Skolitel : 61225Předkládaná dizertační práce řešila dva hlavní cíle. Prvním byl monitoring a hodnocení bioremediačních procesů in situ pomocí molekulárně genetických metod. Druhým cílem byla příprava nanovlákených nosičů biomasy, které by měly sloužit k odběru a izolaci DNA ze vzorků získaných na reálné lokalitě. Výzkum byl cílený na problematiku chlorovaných ethenů patřících mezi nejčastější kontaminanty s prokázaným negativním vlivem na životní prostředí i lidské zdraví.Kombinace chemické a biologické sanace patří k častým strategiím odstranění chlorovaných ethenů. V disertační práci byl zkoumán vliv těchto technik na přítomná bakteriální společenstva pomocí molekulárně genetických metod. Použité markery zahrnovaly 16S rRNA gen specifických degradérů i geny pro reduktivní dehalogenázy. Dále byly testovány markery charakterizující denitrifikační a síru redukující bakterie. Monitoring hladin jednotlivých testovaných markerů dovoloval hodnotit průběh a efektivitu probíhajících sanačních procesů.Metody molekulární genetiky spolu s hydrogeochemickými analýzami byly také použité při hodnocení biologických dějů v kvartérním aluviálním podloží nacházejícím se v blízkosti historického zdroje rozsáhlé kontaminace tetrachlorethylenem. Relativní hladiny specifických degradérů byly měřené metodou polymerázové řetězové reakce v reálném čase (real-time PCR). Detailní charakterizace zkoumané lokality, respektive autochtonní mikroflóry, byla prováděná metodou sekvenace nové generace. Výsledky obou metod potvrdily hypotézu zonace aktivní reduktivní dechlorace v souladu s hydrogeochmickými parametry.Druhým cílem dizertační práce bylo vyvinout nanovlákenné nosiče, které by bylo možné opakovaně použít při dlouhodobém sledování kontaminované lokality, protože odběr vzorků podzemních vod, jejich transport a zpracování je komplikovaný. Podobně pravidelný odběr vzorků půdy není možný nejen z důvodu finančních, ale i sporné reprodukovatelnosti. Vyvinuté nanovlákenné nosiče jsou kompaktní, dostatečně malé, snadno přenositelné, a především vhodné pro izolaci DNA. Dlouhodobé testy in situ potvrdily funkčnost pro využití nanovlákenných nosičů pro molekulárně genetické analýzy autochtonní mikroflóry. Jednotlivé varianty nanovlákenných nosičů byly patentovány.
- ItemSelenium hyperaccumulators harbor a diverse endophytic bacterial community characterized by high selenium resistance and plant growth promoting properties(Frontiers Research Foundation, 2015) Sura-de Jong, Martina; Reynolds, Ray J. B.; Richterová, Klára; Musilová, Lucie; Staicu, Lucian C.; Chocholata, Iva; Cappa, Jennifer J.; Taghavi, Safiyh; van der Lelie, Daniel; Frantík, Tomáš; Dolinová, Iva; Strejček, Michal; Cochran, Alyssa T.; Lovecká, Petra; Pilon-Smits, Elizabeth A. H.Selenium (Se)-rich plants may be used to provide dietary Se to humans and livestock, and also to clean up Se-polluted soils or waters. This study focused on endophytic bacteria of plants that hyperaccumulate selenium (Se) to 0.5-1% of dry weight. Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis was used to compare the diversity of endophytic bacteria of hyperaccumulators Stanleya pinnata (Brassicaceae) and Astragalus bisulcatus (Fabaceae) with those from related non-accumulators Physaria bellii (Brassicaceae) and Medicago sativa (Fabaceae) collected on the same, seleniferous site. Hyperaccumulators and non-accumulators showed equal T-RF diversity. Parsimony analysis showed that T-RFs from individuals of the same species were more similar to each other than to those from other species, regardless of plant Se content or spatial proximity. Cultivable endophytes from hyperaccumulators S. pinnata and A. bisulcatus were further identified and characterized. The 66 bacterial morphotypes were shown by MS MALDI-TOF Biotyper analysis and 16S rRNA gene sequencing to include strains of Bacillus, Pseudomonas, Pantoea, Staphylococcus, Paenibacillus, Advenella, Arthrobacter, and Variovorax. Most isolates were highly resistant to selenate and selenite (up to 200 mM) and all could reduce selenite to red elemental Se, reduce nitrite and produce siderophores. Seven isolates were selected for plant inoculation and found to have plant growth promoting properties, both in pure culture and when co-cultivated with crop species Brassica juncea (Brassicaceae) or M. sativa. There were no effects on plant Se accumulation. We conclude that Se hyperaccumulators harbor an endophytic bacterial community in their natural seleniferous habitat that is equally diverse to that of comparable non-accumulators. The hyperaccumulator endophytes are characterized by high Se resistance, capacity to produce elemental Se and plant growth promoting properties.
- ItemStrategies adopted by Aphanizomenon flos-aquae in response to phosphorus deficiency and their role on growth(SPRINGEROPEN, CAMPUS, 4 CRINAN ST, LONDON, N1 9XW, ENGLAND, 2020-03-16) Chen, Xiaoyan; Dolinová, Iva; Ševců, Alena; Jurczak, Tomasz; Frankiewicz, Piotr; Wojtal-Frankiewicz, Adrianna; Wan, Lingling; Deng, Qinghui; Song, Chunlei; Zhou, Yiyong; Cao, XiuyunBackground The N-2-fixing cyanobacterium, Aphanizomenon flos-aquae is a globally distributed bloom causing species that degrades water quality of fresh and marine water bodies. Overcoming phosphorus (P) deficiency is one of the ecological advantages for bloom-forming cyanobacteria. It remains unclear to what extent can A. flos-aquae alleviate P deficiency by regulating P using strategies. Results Based on in situ observations of extracellular alkaline phosphatase (APase) in A. flos-aquae via enzyme-labeled fluorescence in freshwater bodies in China, Poland and Czechia, we further investigated responses of isolated A. flos-aquae to different P supplies (dissolved inorganic P (Pi) as +DIP, dissolved organic alpha-glycerophosphate and beta-glycerophosphate as +DOP alpha and +DOP beta, P-free condition as P-depleted). The significantly negative relationships between percentage of APase producing cells and soluble reactive P concentration in both fields and cultures suggested that the excretion of APase in cyanobacterium was regulated by ambient Pi supply. Suffering from P deficiency in the P-depleted treatments, A. flos-aquae showed the highest APase activity but a vigorous growth at the early culture stage, which might also benefit from the formation of polyphosphate body (PPB) and the decrease of cell P quota. In the +DOP treatments, the coordination of dissolved DOP mineralization and continuous prompt utilization of PPB might contribute to a maintenance but not reproduction of A. flos-aquae when relying on DOP, since the specific growth rate kept around 0 cells L-1 day(-1) at the second half culture period and the highest cell density reached only 13.38% of that in +DIP treatments while photochemical efficiency was comparable during the whole experiment. Luxury uptake of phosphate as PPB in the +DIP treatments was consistent to the canonical view of polyphosphate as P storage. Conclusion Aphanizomenon flos-aquae could achieve an instantaneous growth in response to P deficiency with the coordination of P utilization strategies, while it maintained a long-term sustainable growth but not reproduction under sole DOP supply. Persistent and active reproduction could only be achieved in high Pi supply, which implying that an effective consequence can be expected for combating the bloom of A. flos-aquae when controlling P supply.